В Японии как правило просто по имени обращаются друг к другу только очень близкие люди: родственники, друзья, любимые. Также это вполне нормальное обращение взрослых к детям-подросткам.
Называть человека по фамилии считается вежливее, чем по имени. Если обращаются по фамилии без суффикса, это признак фамильярных, но "отстраненных" отношений (например отношения школьников или студентов).

Во всех остальных случаях пользуются суффиксами:

-сан (san) - Самый известный, самый распространённый и самый нейтральный суффикс. Означает уважительное отношение, близкое к русскому "господин/госпожа". Употребляется равно для обоих полов, может сочетаться с фамилией, именем, родом занятий, родственным статусом и любой другой характеристикой человека. Часто используется для общения с незнакомыми людьми, а также по отношению к старшим.

-кун (kun) - Применяется при неформальном общении, в основном между мужчинами примерно одинакового возраста и положения, а также при обращении старшего по статусу к более младшему (например начальника к подчиненному), или взрослого к мальчику. Вообще -кун по отношению к мальчикам это примерно то же самое, что -сан для взрослых. Употребление этого суффикса среди мужчин – признак того, что они хорошо знакомы, но не совсем близкие друзья.
Обращение через "-кун" к девушке со стороны сверстника подчёркивает, что она для него - свой парень, а со стороны более старшего мужчины - что между ним и этой девушкой исключительно деловые, неромантические отношения.

-тян/чан (chan) - Близкий аналог русским "уменьшительно-ласкательным" суффиксам (Светочка, Сашенька, Сергунчик). Не употребляется с фамилией, а только с именем, полным или сокращённым, а также прозвищем или родственным статусом. Обычно используется при обращении взрослых к детям и к хорошо знакомым девушкам, парней к любимым девушкам, подружек друг к другу, маленьких детей друг к другу. Мальчиков принято называть так лет до 10, в более старшем возрасте они могут воспринять "-тян" как подколку или оскорбление (в основном такое обращение к парню позволительно только родственникам или любимой девушке, в качестве выражения нежности).

-сама (sama) – Суффикс крайнего уважения или восхищения. Обращение к богам и духам, к высокопоставленным лицам или просто к очень уважаемым людям, девушки к возлюбленному, слуг к хозяевам и т.д. На русский примерно переводится как "уважаемый, дорогой, досточтимый". Обычно добавляется к имени, роду занятий или родственному статусу, а также используется в общепринятых обращениях:
- окяку-сама - буквально означает "дорогой гость" – обращение к покупателю в магазине, постояльцу в гостинице, клиенту и т.п.
- ками-сама - "о боже", "господи" - при обращении к богу.
- одзё-сама – слегка устаревшее обращение к девушке из хорошей, богатой семьи. Для слуг или просто домочадцев это вежливое обращение к дочери господина или хозяина дома. Посторонними может говориться в насмешку, в значении "избалованная богатая девчонка".

-доно (dono) - Уважительное обращение к равному или высшему, но незначительно отличающемуся по положению. Выражает меньшее почтение, чем -сама, но большее чем -сан. В настоящее время считается устаревшим и практически не встречается в общении. В древности активно использовался при обращении самураев друг к другу (означает нечто вроде "достойный обращается к достойному").

Все предыдущие суффиксы используются только как дополнение к имени, фамилии, статусу и т.д. и не употребляются отдельно, а следующие могут быть как дополнением к фамилии, так и самостоятельным словом:
-сэнсэй (sensei) – Означает "учитель", но скорее в духовном смысле. Используется для обращения к учителям, врачам, юристам, адвокатам, политикам, представителям творческих и других общественно важных профессий. По фамилии+сэнсэй могут называть автора манги или режиссера. Такое обращение выражает уважение к человеку, добившемуся определённых знаний, мастерства в профессии. В Японии есть также много других обращений, связанных с профессией.

-сэмпай (senpai) – Используется для обращения к более старшему коллеге (по опыту, возрасту) внутри какой-либо организации, например, в школе (к ученику более старших классов), в спортивном клубе или бизнес-компании. Употребляется особенно когда у этого старшего товарища есть чему поучиться, или он чем-то помогает.

-кохай (kouhai) - Обращение к младшему коллеге (в противоположность к сэмпай). Почти нигде не встречается, потому что к младшим чаще принято обращаться по имени или фамилии с употреблением более распространенного суффикса.

Обращения к членам императорской семьи

-хэйка - "Ваше Величество". Может использоваться как при обращении к царствующей особе, так и в качестве добавления к титулу. Например Тэннё хэйка - "Его Величество Император", Кёгё хэйка - "Её Величество Императрица".

-дэнка - "Королевское Высочество" или "Величество" - добавляется к титулу нецарствующего члена королевской семьи. В аниме нигде не слышала, но мало ли, может пригодится.

-химэ – "Принцесса, дочь солнца". Может использоваться отдельно, может добавляться в качестве суффикса к фамилиям девушек из благородных семей (не обязательно принцессам, просто знатным барышням), может входить в состав женских имен (например Орихиме из Bleach). Этот устаревший суффикс использовался для подчеркивания благородного происхождения девушки или ее высокого положения.

-тайши или котайши – наследный принц.

-о – означает "монарх, правитель" и тоже может употребляться в качестве суффикса, например в "Генбу Кайден" брата императора называют Темудан-о.

Также к членам императорской семьи можно обращаться с помощью уважительного суффикса "сама".

Существуют и другие именные суффиксы, но они используются совсем редко.